La Facultad de Ciencias Médicas cuenta con diferentes edificios anexos al Hospital de Clínicas (Hospital Escuela) y al Edificio de Ciencias Básicas.
En la actualidad, los locales donde se desarrollan las actividades de la Carrera de Medicina son: Administración General, Hospital de Clínicas (San Lorenzo), Edificio Kimball o de Ciencias Básicas (Asunción), Centro Materno Infantil, Instituto de Enfermedades Tropicales, el INPRO y varios Hospitales y Centros de Salud dependientes del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, entre ellos el Centro de Emergencias Médicas y el Hospital Neuropsiquiátrico.

A continuación, se describen cada uno de estos campos clínicos.

EDIFICIO ADMINISTRATIVO 
: En este edificio se concentran las actividades administrativas de la institución: Decanato, Secretaría General, Giraduría, Departamento de Contabilidad. Está ubicado sobre la calle Dr. Montero entre Capitán Miranda y La Gerenza.
HOSPITAL DE CLÍNICAS, Campus San Lorenzo: Es un Hospital Escuela (situado en el Campus de San Lorenzo sobre la Avenida Mariscal López esquina Cruzada de la Amistad) y como su nombre lo indica, es un centro de referencia en cuanto a la atención de la población paraguaya, debido a que cuenta con todos los servicios.
El Hospital de Clínicas depende técnica y administrativamente del Decano de la Facultad de Ciencias Médicas. Es un hospital de enseñanza, sin embargo se constituye en centro de derivación de pacientes para el Sistema Nacional de Salud.
La gestión ejecutiva del hospital corresponde a un Director con dedicación exclusiva a sus funciones. Los Jefes de Servicios, además de realizar las tareas académicas, participan en actividades administrativas.
CENTRO MATERNO INFANTIL – C.M.I.: Está situado en el Campus de San Lorenzo sobre la Avenida Mariscal López esquina Cruzada de la Amistad. Inaugurado en el año 2003, sirve de asiento a las Cátedras y Servicios de Pediatría y Gineco – Obstetricia. Depende del Hospital de Clínicas. Este complejo cuenta con dos (2) salones auditorios, área administrativa y área de servicios, laboratorio y camas para internaciones (Pediátricas y Gineco – Obstétricas).
EDIFICIO KIMBALL O DE CIENCIAS BÁSICAS : Está ubicado sobre las calles Doctor José P. Montero y Doctor Mario Mazzei; reúne a las Cátedras de Ciencias Básicas (Anatomía Descriptiva y Topográfica, Anatomía Patológica, Histología, Fisiología, Fisiopatología, Microbiología, Bioquímica, Biofísica y una oficina que centraliza la Secretaría de las Cátedras de Medicina de la Comunidad, Socioantropología.). En él se encuentran además  del Anfiteatro, los laboratorios de Microbiología, de Anatomía Patológica, Biofísica, Fisiología, Bioquímica y la Biblioteca de la Facultad. También están asentadas en este edificio la Dirección de Admisión, Coordinación de la Carrera de Medicina, Departamento de Informática Académica, Coordinación de la Carrera de Instrumentación, el Centro de Estudiantes de Medicina y el Comedor Universitario.

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