En el año 1.877, se inauguró el HOSPITAL de la CARIDAD con sede en los terrenos del viejo Hospital Militar con capacidad para 30 camas, que quedaría a cargo de las Hermanas Vicentinas, quienes junto a la Sociedad de Beneficencia, gestionaron la donación del terreno que ocupa el Hospital de Clínicas en la sede del barrio Sajonia, para la construcción de un nuevo Hospital debido a la precariedad del asiento original.
Con la fundación e inauguración de la U. N. A. en 1.889, nace la FACULTAD DE CIENCIAS MÉDICAS concretándose su apertura en Marzo de 1.889 y se dispuso la duración de 6 años para las Carreras de Medicina  y Cirugía, con ramas anexas de las carreras de Farmacia y de Parteras. Al mismo tiempo, en el mismo año de 1.889 , por decreto Ley del 3 de Agosto, se creó la comisión para la construcción del Nuevo Hospital, destacando que la FACULTAD de CIENCIAS MÉDICAS, había utilizado prácticamente desde su fundación el Hospital de la Caridad para los fines de la enseñanza con carácter docente – asistencial.
La Facultad de Ciencias Médicas funcionó en ésta  (año en el cual se inició la construcción del que sería el Nuevo Hospital) a 1.892, y se clausuró por falta de estudiantes.
El 19 de Julio de 1.894 se inauguraba el nuevo Hospital, bajo el nombre de HOSPITAL NUEVO «SAN VICENTE de PAUL» con capacidad para 60 camas.
En el año académico de 1.896 comenzaron a funcionar las Escuelas de Farmacia y Obstetricia, pero los cursos de la Facultad de Medicina, se reabrieron el 24 de Julio de 1.898, seis años después de su  primera clausura.
En el año de 1.900 se nombraron los primeros practicantes en el Hospital “San Vicente de Paul”. La Facultad de Medicina contaba entonces con 30 estudiantes en total. En el mes de Junio de 1.902, una disposición de carácter oficial comunicó que «la Dirección médica, así como el presupuesto de gastos del personal docente del Hospital «San Vicente de Paul», quedaban a cargo exclusivo  de la F.C.M. – U.N.A., según nota del Rector de la U.N.A. con fecha de abril de 1.902.
En el curso académico correspondiente a 1.903 y 1.904, se graduaron los 12 primeros médicos formados en la Facultad de Ciencias Médicas (U.N.A.).
El segundo cierre de la Facultad de Ciencias Médicas (U.N.A.), se produjo en 1.912 por la falta de recursos económicos para continuar su funcionamiento, y fue en el año 1.918 cuando tuvo lugar su tercera y definitiva reapertura.
En el año de 1.927 por Ley 910 del Poder Ejecutivo, el Hospital Nuevo «San Vicente de Paul» pasó a denominarse SERVICIO CLÍNICO de la Facultad de Ciencias Médicas (U.N.A.), cuna de la docencia, experiencia, asistencia y centro de resistencia contra las injusticias, represiones y violaciones a los Derechos Humanos en el Paraguay.
La FACULTAD DE CIENCIAS MÉDICAS para la Carrera de Medicina y Cirugía, otorga el título de Doctor en Medicina y Cirugía; funciona con  aproximadamente 150 (ciento cincuenta) profesores y cuenta actualmente con 855 estudiantes, habiendo salido de sus aulas 5.471  facultativos.
Depende administrativamente de la UNIVERSIDAD NACIONAL DE ASUNCIÓN, e incluye Escuelas de: Enfermería, Instrumentación Quirúrgica y Kinesiología y Fisioterapia. Las dependencias en las que en la actualidad se desarrollan las actividades de la Facultad de Ciencias Médicas (Carrera de Medicina) son: las de Administración General, Hospital de Clínicas y Centro Materno Infantil (San Lorenzo), Edificio Kimball o de Ciencias Básicas, el Instituto de Enfermedades Tropicales, el INPRO y varios Hospitales  y Centros de Salud dependientes del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social, entre ellos el Centro de Emergencias Médicas y el Hospital Neurosiquiátrico.
Consecuente con una inspección y evaluación de la Educación Médica en la Universidad nacional de Asunción, efectuada por el Dr. Stockton Kimball, Decano de la Facultad de Medicina de la Universidad de Búffalo N. Y, del 17 de Marzo al 17 de Abril de 1.956, se establece un acuerdo con la Universidad de Búffalo EE.UU., que ofrece la posibilidad de ayuda técnica y material. Este acuerdo fue denominado “Plan KIMBALL”; plan que se concreta en logros positivos para la Facultad de Ciencias Médicas.
Las últimas décadas, transcurrieron en medio de incansables luchas para dotar a las Cátedras de la F.C.M., con los elementos técnicos necesarios, y en 1.987 se iniciaron los esfuerzos de distintos gremios de medicina para obtener mejoras en la precaria situación en la que se desenvuelve nuestro Hospital escuela en su carácter docente / asistencial: el HOSPITAL de CLÍNICAS (F.C.M. – U.N.A.).
En lo que respecta al funcionamiento del Departamento de Educación Médica, se destaca el hecho de su reglamentación en 1.967 siendo uno de sus objetivos prioritarios el análisis del sistema educativo. En el año 2.003, esta dependencia pasa a denominarse Dirección General Académica, acorde a requisitos internacionales.
En 1981, se inicia el estudio de un “Cambio Curricular” cuya implementación se concreta en el año de 1.984.
En el año de 1.999  se realiza una AUTOEVALUACIÓN CURRICULAR organizándose, como resultado de ésta, un Taller de Diseño Curricular.  El Honorable Consejo Directivo de la Facultad de Ciencias Médicas, dispone la modificación del diseño, de acuerdo a las debilidades detectadas y conforme a los criterios del MERCOSUR.
En el mes de diciembre del año 1.999 el Consejo Directivo de la Facultad de Ciencias Médicas, en cumplimiento del Protocolo de Entendimiento del MERCOSUR (por el cual la Carrera de Medicina junto con las de Ingeniería y Agronomía fueron elegidas como carreras a ser acreditadas), dispone la realización de una Autoevaluación Institucional, y se crea para el efecto una comisión para las tareas de Autoevaluación Institucional compuesta por: ocho Profesores Doctores, cinco representantes Médicos (Auxiliares de la Enseñanza y Residentes), tres estudiantes de la Carrera de Medicina, Dirección Asistencial, Dirección de Recursos Humanos y tres  secretarias administrativas a tiempo parcial. En el año 2003, este Comité pasó a denominarse Dirección de Auditoria Académica.
En cuanto a reglamentaciones, actualmente rigen el Reglamento Interno aprobado en el año 2004, por Resolución No. 490-00-2004 por el Honorable Consejo Superior Universitario en fecha 24 de noviembre de 2004, el Manual de Procedimientos para Concursos de Profesores en la Facultad de Ciencias Médicas y las Normas Generales para los Manuales de Organización, Funciones y Procedimientos, aprobados según Acta N° 2434. El anterior Reglamento (homologado por el C.S.U. en fecha 10 de setiembre de 1998, Resolución No. 7261-00-1998) fue utilizado hasta fines del año 2004 para realizar los Concursos y organizar el quehacer institucional.

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